الفكرة :

جاء تصميم مسجد النيلين في إطار بحث تخرج المهندس قمر الدولة عبد القادر الطاهر عرض ضمن فعاليات تخريج بجامعة الخرطوم حضره رئيس الجمهورية الأسبق المغفور له بإذن الله المشير جعفر محمد نميري وقد أعجب بالتصميم وأمر  بتنفيذه