يقع المسجد في مدخل أم درمان لولاية الخرطوم ، تأسس مسجد النيلين عام 1984 في عهد الرئيس الأسبق جعفر محمد النميري – رحمة الله – وهو الذي اختار تصميمه وحدد موقعه ، صمم المسجد المهندس قمر الدولة عبد القادر الطاهر.

يتميز المسجد بعمارته المتفردة وموقعه المتفرد إذ يقع على الضفة الغربية للنيل عند ملتقى النيلين الأبيض والأزرق .