قبل العام المالى 1990م كانت إدارة الشؤون المالية وحدتين حسابيتين في كل من كلية القرآن والمعهد العلمي ، ونتيجة لثورة التعليم العالي تم دمجهما في جسم واحد وسمى بجامعة القرآن الكريم والعلوم الإسلامية .