أنشئت جامعة القرآن الكريم والعلوم الإسلامية بمقتضى قانون جامعة القرآن الكريم والعلوم الإسلامية لسنة 1990م ، وأصبحت الجامعة اعتباراً من 21/11/1410 هـ الموافق 14/6/1990م ، هيئة علمية ذات شخصية اعتبارية وصفة تعاقبية مستديمة ، وخاتماً عاماً ، مقرها مدينة أم درمان ، مع حقها في فتح أفرع لها في الولايات ؛ وذلك تطبيقاً لتوصيات المؤتمر التداولى للتعـــليم العــالى بتوحيد كلية القرآن الكريم التى أنشئت عام 14 1هـ (1981م) ومعهد أم درمان العلمى الذى أنشئ عام 14 3هـ (1983م) ، وكان يضم كلية الشريعة وكلية اللغة العربية وكلية البنات. ثم أقامت الجامعة كليات في تخصصات الدعوة والإعلام والاقتصاد والإدارة والتربية وكلية للدراسات العليا . وتضم الجامعة اليوم إضافة إلى ذلك عدداً من المراكز والمعاهد المركزية والولائية . وللجامعة حق منح الدرجات العلمية في المستويات المتعددة :
والجامعة عضو في اتحاد الجامعات العربية ، واتحاد الجامعات الإفريقية ، ورابطة الجامعات الإسلامية . كما أن لها علاقة تعاون مع المنظمة الإسلامية للتربية والثقافة والعلوم ( آيسسكو ) .