أنشئت المكتبة المركزية في عام 1990م بضم مكتبة معهد أمدرمان العلمي إلى مكتبة كلية القرآن الكريم. تحتوي عمادة شؤون المكتبات على (5 6 4) عنواناً في (1 2613) مجلداً حتى 1/7/2 5م. وتمثل مجموعة الكتب بالمكتبة المركزية (239 5) عنواناً في (4618 ) مجلداً من المجموع الكلي . كما تحتوي على مجموعات مقدرة من الدوريات في مجالات المعرفة المختلفة . تقدم المكتبة خدماتها لطلاب الجامعة والأساتذة وطلاب الدراسات العليا بالجامعة والجامعات الأخرى. تضطلع عمادة شؤون المكتبات في الجامعة بتأسيس المكتبات الفرعية وبناء وتنمية مجموعاتها من الكتب والأوعية المعلوماتية الأخرى وتزويدها بالقوى العاملة التي تقوم بالخدمة المكتبية للطلاب والأساتذة وغيرهم من الباحثين في المركز الرئيس بأم درمان وفي فروعها بالولايات .