تعمل أمانة الشؤون العلمية على تطوير ومتابعة الأداء العلمي بكليات الجامعة ووحداتها العلمية الأخرى من حيث المناهج ووضع الخطط الدراسية ونظم الامتحانات والبحث العلمي . كما تتحمل أمانة الشؤون العلمية مسؤولية الإشراف على أعمال مجلس الأساتذة من إجازة للدرجات العلمية للخريجين ( بكالوريوس ودبلومات ودراسات عليا " دكتوراه وماجستير " ) بجانب عمل لجانه المتخصصة ومتابعة وتنفيذ القرارات التي تصدر عنها ، وحفظ السِّجلاّت الخاصّة بذلك . وكذلك تعمل أمانة الشؤون العلمية على تدريب أعضاء هيئة التدريس ومساعدي التدريس علمياً ، والإشراف على اتفاقيات التبادل الثقافي بين الجامعة والجامعات الأخرى ومؤسسات التعليم العالي والبحث العلمي داخل القطر وخارجه ، والعمل على تنفيذ تلك الاتفاقيات وتنظيم الإجازات البحثية . كما تقوم الأمانة بعملية قبول الطلاب بالجامعة وما يتبع ذلك من إجراءات التحويل من كلية إلى أخرى أو من وإلى الجامعة ، إضافة إلى استخراج الشهادات التي تُمنح لخريجي الجامعة ( بكالوريوس ودبلومات) وحفظ السجلات والإحصاءات الخاصة بذلك وتنظيم حفلات التخريج وتوثيق الشهادات . كما يتبع لأمانة الشؤون العلمية مراكز الدراسة عن بُعد ( خارج السودان) حيث تقوم الشؤون العلمية بالتنسيق والإشراف على القبول والتسجيل بوساطة مشرفين ، كما تقوم بوضع الامتحانات ومتابعتها واستخراج النتيجة النهائية . وتقوم أمانة الشؤون العلمية بوضع التقويم الدراسي الذي تسير عليه العملية الأكاديمية ( في العام الدراسي) كما تقوم بتقويم نتائج الطلاب وإرشادهم علمياً.