نظمت جامعة القرآن الكريم والعلوم الإسلامية مؤتمر للمنهجية المعرفية وكانت ثمرة ذلك إنشاء معهد المنهجية المعرفية في العاشر من أكتوبر2000م وفي السابع والعشرين من يناير 2004 م وبقرار من مجلس أساتذة الجامعة اتخذ اسم مركز بحوث القرآن الكريم والسنة النبوية استنادآ للمادة 25ج /من قانون الجامعة لسنة 1995 م فهذا المركز مؤسسة علمية بحثية متخصصة تنشد إعادة مكانة الأصلين النيرين - الكتاب والسنة - في نفوس الناس عامة وأهل السودان خاصة وتوعية المجتمع بهما وبمرادهما ومعالجة قضاياهم من خلالهما وذلك بربط علوم الوحي بعلوم الكون من خلال العملية البحثية ووفق المنهج الذي من شأنه تحقيق ذلك فعندما أسس هذا المركز كانت له غايات ومرام يسعى لتحقيقها خدمة لأهداف جامعة القرآن الكريم والعلوم الإسلامية وإسهام في تنفيذ رؤية الجامعة على المدى القريب والبعيد في جعل الجامعة رائدة الفكر الإسلامي والتأصيل فقد كانت محاولاتنا من خلال هذا الحوار أن نخوض في هذا المركز لمعرفة إلى أي مدى استطاع أن يحقق تلك الأهداف والأنشطة التي من أجلها أنشئ ذلك المركز فقد كنا في معية مدير هذا المركز د. حمزة حسن محمد الأمين ليكشف لنا ويسلط الضوء على ذلك فقد كانت أسئلة أردناها صعبة وأرادها إجابات كما توقعناها فلنبحر سويآ ثنايا هذا الحوار
لجامعة القرآن إرث عظيم في تلبية نداء الجهاد والذود عن العقيدة وتراب الوطن وقد سبقت نظيراتها بأن علقت الدراسة في التسعينيات ولبى جل طلابها وأساتذتها والعاملين بها نداء الجهاد واحتسبت حينها شهداء كانوا وما زالوا وسوف يظلون شامة في جبين هذه الأمة لما عرفوا به من صدق وإخلاص وإيمان عميق بالقضية وللجامعة مجاهدات فكرية وثقافية شامخة على مر التاريخ وهاهو التاريخ يعيد نفسه وكلنا سمع وشاهد ما يتعرض له الوطن العزيز من اغتصاب لأرضه واستهداف واضح وصريح لمكتسباته وخيراته من العملاء والمأجورين والنفعيين وكان لا بد لصحيفة (نور المثاني) أن ترمي بسهمها وتحسس ما يدور في دواخل منسوبي الجامعة الذين يتبرمون غيظاً بأن ويتحرقون شوقاً بأن يرموا مع القوات المسلحة بقوس واحد فكانت هذه الزفرات الحرى بحرارة الحرب وسخونتها التي تدور رحاها الآن